Jedinica interne revizije obavlja poslove koji se odnose na najsloženije poslove interne revizije u skladu sa Zakonom o internoj reviziji i drugim propisima kojima se reguliše ova materija, izrađuje strateške, godišnje i pojedinačne revizorske poslove kojima se utvrđuju prioriteti koji osiguravaju efikasno korištenje raspoloživih resursa, radi na utvrđivanju zakonske, formalne i suštinske ispravnosti postupaka, radnji i dokumentacijskog temelja u procesu budžetskog poslovanja institucije na osnovu testiranja, ispitivanja i ocjene podataka i informacija, istinito i objektivno sačinjava izvještaj s preporukama o izvršenoj internoj reviziji te isti analizira u pogledu realizacije datih preporuka, učestvuje u izradi zakona i podzakonskih akata kojima se ureduju računovodstvene i finansijske aktivnosti u oblasti budžetskog poslovanja i aktivnosti interne revizije, sarađuje sa generalnim revizorom institucija BiH u razmjeni izvještaja,  dokumentacije i mišljenja.